Automatorでこんな感じのサービスを作って、キーボードの設定からショートカットキーを割り当てる

/usr/local/bin/python3 -c "import nelogdn, sys; sys.stdout.write(neologdn.normalize(sys.stdin.read()))"

neologdnはあらかじめpython3にいれてあるとする