touchイベントのtouchesで各々のtouchをみると、touchType == "direct" と touchType == "stylus" がある。これで区別する。 https://stackoverflow.com/questions/34986373/javascript-touch-event-distinguishing-finger-vs-apple-pencil
なおChrome開発者ツール上でiPadをエミュレートしてて、マウスでタッチイベントを発生させている時、touchTypeは付いていない。いずれ touchType == "stylus" をエミュレートできるようになるといいな。
将来的には Pointer Events でまとめられるかもしれないが、現時点ではブラウザの実装が進んでいないっぽい。 Pointer Events